maven-war-plugin が同じライブラリの複数のバージョンの中から WEB-INF/lib に入れる物を決定する仕組みを教えて頂きたいです。

詳細です。

■具体的な状況
昨日まで普通に mvn package で、ちゃんと動作する war が作れていましたが、突然動かない war が生成されるようになりました。調べてみたところ、 spring 2.5.5 関連のどこかと思われる部分で commons-collections 3.x 系にある org.apache.commons.collections.map.LinkedMap を必要としているのに、WEB-INF/lib にある commons-collections の jar が 2.1.1 になっていました。
今回、ローカルリポジトリは一度削除してから試しているのですが、ローカルリポジトリを見た所、commons-collections は 2.0, 2.1, 2.1.1, 3.1, 3.2 のディレクトリが掘られていました。
commons-collections に依存している物は多数あり、2.1.1 に依存していたのは hibernate 3.2.0.cr4 でした。
maven-war-plugin の動作の仕組みがわからないので、とりあえずの対応としてローカルリポジトリ内の hibernate 3.2.0.cr4 の pom を書き換えることで一時的な対処はできましたが、これが正しい解決方法とは思えません。
そこで maven-war-plugin が同じライブラリの複数のバージョンの中から WEB-INF/lib に入れる物を選ぶ基準を知りたいと思います。

■環境
Maven version: 2.0.9
Java version: 1.6.0_13
使われていると思われる maven-war-plugin のバージョン 2.1-alpha-1

■質問者の背景
諸般の事情により、突然サーバーサイドの仕事をすることになりましたが、未経験分野で struts, spring, hibernate, tomcat 等々は名前くらいしか知らなかったため混乱中というレベルです。


できれば日本語のサイト、英語であればあまり長くない物や、該当部分まで教えて頂ければと思います。
宜しくお願い致します。