Movable Type バージョン 4.13を使用して

サイトを構築しているのですが、
検索結果のテンプレートの編集が反映されません。

/var/www/html/inu
/var/www/html/neko
/var/www/html/admin
とディレクトリを分けて、バーチャルホストで運営しています。

それぞれ、以下のように
http://inu.example.com/
http://neko.example.com/
http://admin.example.com/

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「inu」「neko」にはそれぞれ複数個ずつブログが書き出しています。
「admin」にmt.cgiなどを設置しています。

inu.example.comやneko.example.comから検索した場合は、
admin.example.com/mt-search.cgiに遷移します。

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この設定に変更した後、管理画面から、
システムテンプレートを編集しても検索結果ページのデザインテンプレートが
反映されなくなってしまいました。
※システムテンプレートのなかの、検索結果ページのみ反映されません。

何が問題なのかわかりません。
編集する方法をご存じないでしょうか。よろしくお願いいたします。