エチゼンクラゲの駆除に関しては、基本的に地元の漁師さんや水産研究所みたいなところがやっていると思うのですが、そうではなく、エチゼンクラゲの駆除専門の会社というのはあるのでしょうか？

今のところないです。

強いてエチゲンクラゲの駆除を生業としている団体を言うならば、ウマヅラハギでしょうか。

http://scienceplus2ch.blog108.fc2.com/blog-entry-671.html

食品製造会社「マルトモ」（伊予市）

日本海などで深刻な漁業被害をもたらしているエチゼンクラゲを、砂漠の緑化に役立てようと、愛媛大と伊予市の食品製造会社が共同研究を進めている。

保水性が高く栄養分が豊富なクラゲを乾燥し、肥料にする技術で、大型のエチゼンクラゲを使えば、大量に安価な肥料が調達できるというアイデア。

同社は肥料化技術の特許を出願しており、漁業関係者は「海の厄介者が砂漠の救世主になる日が来るかも」と期待している。

http://yukinogaku.blogspot.com/2009/08/blog-post.html

漁師の方々にとって最大の厄介者と言えば、エチゼンクラゲ。よくテレビニュースなどでも漁業被害の原因として取り上げられているので、皆さんも一度は見た事があるでしょう。そんなエチゼンクラゲを有効利用する為に、食品化の開発をする企業はたくさんあります。そこには、あの厄介者のさらなる厄介ぶりとの戦いがあるそうなんですが……。ということで今回は、昨年12月に「くらげポンチ」なる新くらげデザートを発売した水産加工食品メーカー『かね徳』さんにその開発秘話を伺ってみました。

http://ahlump.exblog.jp/4604721/