thetisのサーバーを使い始めましたが、インストールはうまくいき、使い始めましたが、バックアップがどれをバックアップしたらいいのかわからないのですが？このサーバーソフトを知っている方教えてもらえませんか？

MySQL Administrator softでリストア出来ました。今後バックアップしたいのですが、毎回MySQL Administrator softでバックアップするのは、サーバーにアクセスしないといけないので、MySQL の中にある thetis_production をバックアップを単純にバックアップソフトのタイマーでやりたいです。データとパスワード両方共、新しいHDDに変えたときにMySQLインストール後バックアップしたフォルダーごとコピーしなおせば、元通りになるのでしょうか？

MySQL のサービスを止めてバックアップするのなら、ファイル単純にファイルをバックアップすることも可能です。

ただ、一般的に、データベースのバックアップは、そのデータベースの機能、もしくは、対応しているバックアップソフトで取った方が、新しいマシンへの移設やデータベースソフトのバージョンアップにも対応しやすいです（バージョンが同じであれば、基本的には直接ファイルをコピーするだけでも大丈夫ではありますが...）。

スケジュールでバックアップを取得したいのであれば、mysqldump というコマンドラインツールが付いているので、これでバックアップを取るのが良いでしょう。

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/mysqldump.html
http://www.syboos.jp/database/doc/data-backup-by-mysqldump.html

もし、既にお使いのバックアップソフトがあるのであれば、そのバックアップソフトの機能次第ですが、バックアップスケジュールでバックアップの前に実行するバッチファイルやコマンドを指定できる機能があると、上記の mysqldump で一度ダンプファイルを作ってから、それをバックアップで取るようにすると良いでしょう（ただし、HDD にダンプファイルを保存するだけの容量は必要になります）。

回答ありがとうございまいした。MY SQLのバックアップを考えます。