お尋ね申し上げます。

「アップグレード版を使用すると」ではなく、「アップグレードインストール(古いWindowsの設定を引き継いでインストール)すると」障害が発生しやすいのだと思います。

アップグレード版であっても、"新規インストール (カスタム)"(古いWindowsの設定を引き継がない)というメニューがあるようなので、これを利用されるとよいでしょう。

http://www.microsoft.com/japan/windows/windows-7/guide/upgrade.m...

一からOSを入れなおすことを一般的にクリーンインストールといいます。

で、アップグレード版でクリーンインストールできないかというとできるようです。（自分でやっていないのでコメントに書きたかったんですが・・・コメントをオープンにしておくといいことがあると思いますよ。）

Windows7アップグレード版でのクリーンインストール方法

http://berserga.blog.so-net.ne.jp/2009-10-22

その他「windows 7 アップグレード版　クリーンインストール」でぐぐってみたりしてください。

あと今のHDDに大切なデータが入っているなら、DVDなどに焼いておくか外付けのHDDなどを買ってきてバックアップを取っておいたほうがいいと思います。思い出の画像などが無くなると悲しくなると思いますので。

またパソコンに少し詳しいのであれば今のVistaが入っているHDDは取り外しておいて、新しいHDDやSSDに換装して7を入れると、Vistaにはいつでも戻せますし、少しだけPCのパワーアップ（容量増加、アクセス速度の向上等）ができると思います。