数年、もめている問題で（詳細を説明すると長くなるので省略）、「窃盗」と思われる行為があったので、警察に言った所、「民事訴訟でもめている問題ではないでしょうね」「（加害者は民事訴訟で勝っているのに問題はないと言っている）どうして、貴方は民事訴訟で負けるのだ」と言って被害届を受理しようとしませんでした。

拒否られてるし、いわしっつう問題じゃないと思うけど、、、
被害届ではなく正式に告訴して下さい。
（もっとも、そんな状況だとろくな捜査はないでしょうけどね）
でも、揉めている、というような状況は窃盗とは思えないですね。
窃盗でなければ窃盗罪で告訴しても無意味です。
先に弁護士に相談、委任して下さい。
http://www.houko.com/00/01/M40/045.HTM#s2.36
235条、同居の親族間では窃盗罪が成立しない（244）とか色々有り。

「窃盗」の内容がどのようなものかわからないので何とも言えませんが
とりあえず警察の言い分も一理あるとすると、いわしの方が話を掘り下げやすいですね

無益な回答をする人を《拒否》するのは当然です。
『揉めている、というような状況は窃盗とは思えないですね』というのも無益な回答です。
例えば、「ＡはＢにお金を貸した」という問題で揉めている時、「ＡがＢの財布から勝手にお金を抜き取った」という場合、窃盗は成立しますよね。
そして、「ＢはＡに返済する必要はない」という民事訴訟の判決が出たら、ますます、窃盗の容疑は強くなりますね。
この様な無益な回答をする人を《拒否》するのは当然で、他の人も参考にして下さい。
また、『同居の親族間』には該当しないし、また、お金儲けしか考えていない弁護士に相談するつもりはありません。
（「そんな相手に回答するつもりはない」と考えるのなら最初から回答しないで下さい）

ご存知かと存じますが、警察は犯罪を追うところですよね。
やめた人間や社外の人間など外部の人間が、
事務所や私有地等に無断で入り込んで金品や情報等を盗んだ形跡があれば、
勝手に人が入って金品や情報等を盗んだ形跡があるという事で、
警察に通報すると良いと思われます。

そうではなく、民事で話し合いという流れになっていれば、
その時点で刑事ではなく民事のみとなりますので、
動きたくとも警察は動けず、警察側の最初の返答は間違っていません。

民事での話し合いに決着がついた後に、あらたに不法行為が行われたのだとすれば、
先に述べたように、盗まれたとして捜査を依頼するのが筋になります。

「きっと、あの人がやったのだ！」などという発言や表現をしてしまうと、
ヤラセではないかと、警察は逆に貴殿を疑いだし、現にそうなっていると思われます。

対策としては、同じ事を行わせないための防犯対策を施し、
現場を抑えるしか、いまのところは手の打ちようがないでしょう。

〆がこれだと、無益と言われるかもしれないのでコメントにしておこう。

＞民事での話し合いに決着がついた後に、あらたに不法行為が行われたのだとすれば、先に述べたように、盗まれたとして捜査を依頼するのが筋になります。

　この記述に異論はないですが、今回のケースでは「民事で、ある部分について判決が出た」という状態で根本的な決着はついていないです。そもそも、相手は、まともと話しと出来る状態ではないです。

＞「きっと、あの人がやったのだ！」などという発言や表現をしてしまうと、ヤラセではないかと、警察は逆に貴殿を疑いだし、現にそうなっていると思われます。

　民事訴訟の準備書面の中で、自分がやった事を明記している事です。

＞対策としては、同じ事を行わせないための防犯対策を施し、現場を抑えるしか、いまのところは手の打ちようがないでしょう。

　えーっとですね、再発防止の為の防犯対策の為に施した「立入禁止の札」と「補助錠」が盗まれたという案件なのです。「立入禁止の札」は合計４回、「補助錠」は合計３回です。そのうち、「立入禁止の札」の１回、「補助錠」の２回は、民事訴訟の準備書面の中で、自分がやったと明記しています。

民事訴訟で確定判決が出たのであれば，告訴状に確定判決の謄本と証拠書類（窃取された立入禁止の札・補助錠の写真や領収書など）を添えて、管轄の検察庁に出向かれてはいかがでしょうか？
警察は告訴状を受理しても、必ずしも捜査するとは限りません。　しかし、検察へ告訴状を提出した場合はその結果を告訴人に通知しなければならないので、警察よりも信用がおけると思います。（必ずしも捜査するとは限らない）

http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S23/S23HO131.html#1002000000002000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000

刑事訴訟法
第二百五十九条 　検察官は、事件につき公訴を提起しない処分をした場合において、被疑者の請求があるときは、速やかにその旨をこれに告げなければならない。
第二百六十条 　検察官は、告訴、告発又は請求のあつた事件について、公訴を提起し、又はこれを提起しない処分をしたときは、速やかにその旨を告訴人、告発人又は請求人に通知しなければならない。公訴を取り消し、又は事件を他の検察庁の検察官に送致したときも、同様である。
第二百六十一条 　検察官は、告訴、告発又は請求のあつた事件について公訴を提起しない処分をした場合において、告訴人、告発人又は請求人の請求があるときは、速やかに告訴人、告発人又は請求人にその理由を告げなければならない。

告訴は弁護士や司法書士に頼らなくても自分でできますが、できれば専門家のアドバイスを受けた方がいいと思います。
（検察へ告訴状を提出する場合も、弁護士や司法書士が同道した場合の方が係員の対応も違ってきます。）

＞民事訴訟で確定判決が出たのであれば，告訴状に確定判決の謄本と証拠書類（窃取された立入禁止の札・補助錠の写真や領収書など）を添えて、管轄の検察庁に出向かれてはいかがでしょうか？
＞警察は告訴状を受理しても、必ずしも捜査するとは限りません。　しかし、検察へ告訴状を提出した場合はその結果を告訴人に通知しなければならないので、警察よりも信用がおけると思います。（必ずしも捜査するとは限らない）

　検察庁に告訴状を提出できる事は知っていましたが、『その結果を告訴人に通知しなければならない』という違いがある事は知らなかったです。

＞告訴は弁護士や司法書士に頼らなくても自分でできますが、できれば専門家のアドバイスを受けた方がいいと思います。
＞（検察へ告訴状を提出する場合も、弁護士や司法書士が同道した場合の方が係員の対応も違ってきます。）

　これについては弁護士や司法書士を儲けさせるのには抵抗があるので検討したいと思います。

＞「窃盗」の内容がどのようなものかわからないので何とも言えませんが

　問題を１から説明すると長くなりますが、近々の問題としては「立入禁止の札」が４回、「補助錠」が３回、なくなっているのです。取付けた後の写真は撮っています。

＞とりあえず警察の言い分も一理あるとすると、いわしの方が話を掘り下げやすいですね

　「警察の言い分も一理ある」かどうかは不明です。警官も、こちらの説明を十分に聞かずに「民事訴訟で勝ったのなら問題は解決した筈」と勝手に状況を判断して勝手に結論を出している状態です。
　すでに回答されているように「別の警察署に届け出る」などという事をしても「管轄の警察署に行ってくれ」と言われるだけで、役に立たない回答もされる可能性が高いので、いわしで質問しないとポイントがいくらあったも足りなくなるかも知れません。