RedHatに入っているipop3dでバーチャルドメインのPOPサーバーとして構築できますか？

結論から言うと、オリジナルのパッケージに含まれる ipop3d ではできません。ソースからビルドするのであれば、下記のページにあるパッチを当てると出来そうです。

UW-IMAPD extensions

ただ、このパッチの主眼は Maildir 対応なので、デフォルトの mbox 形式のままでバーチャルドメインに対応しているかどうかは分かりません。

RedHatに入っているipop3dでバーチャルドメインのPOPサーバーとして構築できますか？

ちょっと気になったのは、ここで「RedHat」と言っているもののバージョンは何ですか？

一番新しいものだと Redhat Enterprise Linux 5.4 になると思いますが、であれば、Dovecot が標準になっているはずです。Dovecot であれば、バーチャルドメインに対応しています。