フラッシュ撮影時の色温度について、よくわからないのですが　例えば 夕方の赤い環境下で

ニュアンス的な表現をすると、色温度自体は、画像全体に適用されますので２つの色温度が混在するといったイメージにはならないかと思います。

画像処理ソフト（例えば、CanonでしたらDPP）で、色温度が調整出来るかと思いますが、夕日の色を出そうとすれば（色温度を低くすれば）、フラッシュを当てた被写体も赤みがかった色になっていきます。ただ、フラッシュを使わないときに比べれば、当然白く写ります。

逆に、被写体の方に色温度を合わせれば（色温度を高くする）、夕日があまり強調されない画像（白っぽくなる）となります。従って、全体として不自然な色合いになるといったことは無いかと思います。

ただ、フラッシュを近接で使ったり、強く当てたりすると色飛びした状態となるため、その場合は被写体は白く、周りは夕日で赤みががった状態という不自然になることもあります。被写体から近いのであれば、フラッシュの光量を下げたり、ＦＥロックを使うことで、この辺は解決出来るかと思います。

外付けフラッシュは通常5500K等の日中に近い色温度なので、カメラのホワイトバランス設定がその色温度に近い場合は当然ストロボ光のあたる被写体はノーマルな色合いで撮影できますが、周りの色温度がかなり低い(赤く見える)場合、相対的に被写体の見た目が青白く感じるかもしれません。違う色温度の光源があるのでその考え方になるのもおかしくはないと思います。

色温度を統一させるには、フラッシュ光を周りの色温度に、今回の場合は夕日の色温度まで発光面を色温度フィルターなどで下げてやれば、やはり不自然ではありますが、全体が同じ色調になると思います（わかりやすく言うと自然光だけで撮った画面に被写体だけミラーレフ等を当てて起こしたような感じ）

逆光かなにかで被写体が暗いが、しっかり写ることをを重視したいがフィルターもない場合は、カメラ側のホワイトバランスをストロボと同じ色温度から、少し色温度を下げる方向にシフトさせてフラッシュを炊くと雰囲気もなんとか保ちながら撮影ができると思います。カメラによっては日中シンクロ&オートホワイトバランス設定でうまくいく場合もありますが、夕景だと思う色調にはならないことが多いですね。

ちなみに被写体の見た目がノーマルな色調で写っていると、光の当たり具合によってはそんなに違和感を感じなくも見えるので色々と研究してみてくださいね。

もし自分なら夕日の色温度までいかない若干アンバーのフィルターを発光面につけるかも。