PHPの正規表現による置換の質問です。

相対パスを絶対パス(WEBルートからのパス？)に変更したいのでしたら、以下のようにしてはいかがでしょうか？
ちょっとゴチャゴチャしているかもしれませんが・・・

<?php

$webroot = "/home/www/user1"; //WEBルートのパスを指定(※最後をスラッシュで閉じないでください。)
$webroot = preg_quote($webroot, "/");

$text = "<div>\r\n<a href='./hoge1.html' target='_blank'>リンク1</a><br>\r\n<a href=\"./linktest.html\">リンク2</a><br>\r\n";
$text .= "<a href=\"../xyz/test-link.html\">リンク3</a><br>\r\n<a href=\"../images/dog1.bmp\">画像リンク1</a><br>\r\n";
$text .= "<a href=\"./img/cat1.png\"><img src='./img/cat1.png'>テスト画像1</a><br>\r\n</div>\r\n";

$pattern = "/((?:src|href)={1}(?:\"|'))([^>]*?)(\"|')/";

preg_match_all($pattern, $text, $matches);

for($n=0;$n<count($matches[2]);$n++) {
$path[$n] = realpath($matches[2][$n]);
$path[$n] = preg_replace("/\\\/", "/", $path[$n]); //Windows用の変換

// WEBルートからのパスに変換
$path[$n] = preg_replace("/".$webroot."/", "", $path[$n]);

$matches[2][$n] = preg_quote($matches[2][$n], "/"); //検索パターンの正規表現の特殊文字をクオートする
$text = preg_replace("/".$matches[2][$n]."/", $path[$n], $text);
}

echo $text;

?>


※リンク先のファイルが実在しないとsrcやhrefの指定が空になります。
動作テストも実在するファイルを対象に行ってください。

一応、WindowsとLinux両方の環境で動くようにしたつもりですが、Windowsでしかテストしていません。

※表示する時に書き替えているだけですので、ファイルの記述自体を変更したい場合は、さらに別の処理が必要になります。

オリジナル関数を作成した場合です。
使い回しができるので、この方がいいかもしれません。

「my_replace.php」
<?php

function myReplace($text) {

global $text, $webroot;

$pattern = "@((?:href|src)=(?:'|\"))([^>]+?)('|\")@";

preg_match_all($pattern, $text, $matches);

for($n=0;$n<count($matches[2]);$n++) {
//realpathでファイルの絶対パスを取得
$path[$n] = realpath($matches[2][$n]);
$path[$n] = preg_replace("@\\\@", "/", $path[$n]); //Windows用の変換
$path[$n] = preg_replace("@".$webroot."@", "", $path[$n]);
$matches[2][$n] = preg_quote($matches[2][$n], "/");
$text = preg_replace("/".$matches[2][$n]."/", $path[$n], $text);
}

return $text;

}

?>

使用する側のPHPファイル
<?php

require_once("my_replace.php");

$webroot = "/home/www/user1"; //WEBルートのパスを指定(※最後をスラッシュで閉じないでください。)

$text = file_get_contents("hoge1.html"); //書き替え対象のファイルを開いて変数に格納します。
myReplace($text); //関数を呼び出して処理します。
echo $text; //書き替え後のHTMLテキストを確認したい場合

file_put_contents("./testwrite/hoge1.html", $text); //変換後のテキストをファイルに書き込む場合(※ファイルのパスを指定してください。)

?>

※Linuxなどで実行する場合は、書き込むフォルダのアクセス権に注意してください。
※例のように、書き込むファイルは、開いたファイルとは別にするか、事前にバックアップを取ってから実行する事をお勧めします。

上記で希望通りの事が出来ているでしょうか？
希望とは違う場合は、どのようにしたいのか、対象のファイルの中身などももう少し詳しく教えてください。