2枚の画像を横に繋げて1つの画像を作るソフトを探しています。

ジョイントゲッター（フリーソフト）です

http://www.forest.impress.co.jp/article/2003/02/20/okiniiri.html

windows用ですが、JTrim

http://www.woodybells.com/jtrim.html

上下左右に連結出来ます。連結時にマージンを入れることも可能。動作も軽快ですよ。

　１．保存

　id:doumoto さんと同じく、JTrim をおすすめします。

　２枚を１枚に連結すると、容量が２倍になるため、保存できない場合

もあります。そのときは、リサイズ（50％以上可）が必要です。

　２．印刷

　つぎに「ペイント」から「エクセル」に貼付ける方法もあります。

　文字入れやレイアウトが自由自在で、大量印刷に適しています。

　画像容量が割高になり、重くなる（１ファイル数点）のが欠点です。

　３．公開

　あるいは、はてなダイアリーで「フォトライフ」を使うのも簡便です。

　長辺のサイズを定めて、おなじ規格で登録しておけば、任意の位置に

レイアウトできます。スライドショーも可能です。

　下記は、さまざまの使用例が、てんでばらばらに混在しています。

http://f.hatena.ne.jp/adlib/

　↓fotolife ～ はてな フォトライフ 画像一覧 ～

http://d.hatena.ne.jp/adlib/19020103

漫画で「2枚ずつ」ってことは結構ページ数があることでしょうか？

数ページ程度ならOSについてるペイントソフトを使いますが、

数十ページであれば、ＣＵＩに逃げます。

ImageMagicという画像ファイル編集ツール群があって、

スクリプトと組み合わせば、大量の画像連結を簡単にできます。

http://www.imagemagick.org/script/index.php

似たことをやってる例：

http://onegame.meby.net/linux/montage.html

http://www.sodan.ecc.u-tokyo.ac.jp/2007/tips/imagemagick_convert...