windowsではgiraffeというソフトでこれを実現することができ、たくさんウィンドウを開いていてもマウスで選ぶこともAlt+Tabで手繰ることもなく、一発で目的のウィンドウをアクティブにすることができました。この作業環境をLinuxデスクトップでも実現できたらと思っています。
使用しているディストリビューションはUbuntu,CentOSです。
wmctrlをインストールすると、例えば
wmctrl -a emacs
でemacsのウインドウをアクティブにしたりできます。
これと、例えばcompizなどのコマンド&キー割り当てなどを使えばそれっぽい事はできます。
fluxboxで設定し、大変便利になりました!ありがとうございます。