配偶者が会社を経営しています。

会社、つまり法人ですよね？

問題なんて何もないでしょ。

（別に法人でなくとも仕事をもらう事自体は何の問題もない。所得税の扱いとかが変わるだけ）

仕事の状況に応じて給与所得か事業所得に分かれ、それによってあなたの納税方法が変わるだけです。

身内での仕事の発注・受注自体に法的な問題はありませんが、気をつけるべきではあります。

あなたか配偶者の方の会社のどちらかが株式会社であれば、身内の不当な優遇は特別背任と見なされる恐れがありますし、脱税・脱税幇助の疑いで調べられる恐れもあります。

あくまで誠実に世間の相場で受発注していれば大丈夫でしょうが・・・。

税金関係さえ、きちんとしておけば問題はないでしょう。

考えられる主な注意点は下記の通り。

・どういう仕事をして、いくら払ったか明確にしておく

　（何もしていないのに税金逃れの為に支払ったという疑いを避ける為）

・払った方も受け取った方も税務署にきちんと申告・納税する

　（但し、貴方が給与所得者で年間２０万円以内の報酬なら

　申告不要・非課税になる事もあります）

夫婦間の取引に見えますが、配偶者様が法人であれば法的には問題ないと思います。

ひとつ面白いページがありました。

税理士事務所を営む夫が弁護士事務所を営む妻に仕事を頼めるか？というテーマです。

こちらです↓

http://www.cg1.org/knowledge/syotoku/090427.html

答えはNOです。

これはお互いが個人事業主なので所得税法で規制があります。しかし配偶者の法人であれば法的にはOKです。

ただし、実態は両者共に非常に似ているので税務調査ではそれなりの合理性を求められる可能性は十分に考えられるので要注意と言えますね。