エクセル2007を使用しています。

具体的にマッチングさせるデータがどこにあるとか、分ける方法について書いてないので

あくまで参考になりますが、だいたい１行づつループさせてFindで調べるという感じになると思います。

下記のコードはデータをA列、マッチングデータがC列として、B列に○×をつけるマクロです。

分けたデータを取り出したい場合はB列でソートすればいいです。

Sub Macro()
    Dim i As Long
    Dim lastRow As Long
    Dim obj As Object
    
    lastRow = Cells(Rows.Count, "A").End(xlUp).Row
    
    For i = 1 To lastRow
        If Cells(i, "A").Value = "" Then
            Cells(i, "B").Value = ""
        Else
            Set obj = Range("C:C").Find(Cells(i, "A"), LookIn:=xlValues, lookat:=xlWhole)
            If Not obj Is Nothing Then
                Cells(i, "B").Value = "○"
            Else
                Cells(i, "B").Value = "×"
            End If
        End If
    Next i
End Sub

「一人当たり2回まで」の制限でSALINGERさんはこれ以上回答できないので代わりに作成してみました。

A列の重複は「青の太字」、C列の重複は「赤の太字」で区別するマクロです。

Sub Macro()
    Dim i As Long
    Dim lastRow As Long
    Dim obj1 As Object, obj2 As Object, obj3 As Object, obj4 As Object
    
    lastRow = Cells(Rows.Count, "A").End(xlUp).Row
    
    For i = 1 To lastRow
       
        If Cells(i, "A").Value = "" Then
            Cells(i, "B").Value = ""
        Else
          'C列を検索する
            Set obj1 = Range("C:C").Find(Cells(i, "A"), LookIn:=xlValues, lookat:=xlWhole)
            If Not obj1 Is Nothing Then
                Cells(i, "B").Value = obj1.Value
                
              'C列を続けて検索する
                Set obj2 = obj1
                Do
                    Set obj2 = Range("C:C").FindNext(after:=obj2)
                    If obj2.Address = obj1.Address Then Exit Do 'ｱﾄﾞﾚｽが最初に戻ったらﾙｰﾌﾟを抜ける
                    
                    　 If Range(obj2.Address).Row > Range(obj1.Address).Row Then
                        obj2.Font.ColorIndex = 3: obj2.Font.Bold = True '赤の太字に
                    　 Else
                        obj1.Font.ColorIndex = 3: obj1.Font.Bold = True
                    End If
                Loop
                Set obj1 = Nothing: Set obj2 = Nothing
            Else
                Cells(i, "B").Value = ""
            End If
            
            'A列の重複をチェック
              Set obj3 = Range("A:A").Find(Cells(i, "A"), LookIn:=xlValues, lookat:=xlWhole, after:=Cells(1, "A"))
                Set obj4 = obj3
                Do
                    Set obj4 = Range("A:A").FindNext(after:=obj4)
                    If obj4.Address = obj3.Address Then Exit Do '最初に戻ったらﾙｰﾌﾟを抜ける
                    
                      If Range(obj4.Address).Row > Range(obj3.Address).Row Then
                        obj4.Font.ColorIndex = 5: obj4.Font.Bold = True '青の太字に
                      Else
                        obj3.Font.ColorIndex = 5: obj3.Font.Bold = True
                   End If
                Loop
                Set obj3 = Nothing: Set obj4 = Nothing
        End If
    Next i
End Sub