JR特急の指定／グリーン券等の料金についての質問です。

駅Aから駅Cまで乗車する際に、通しでの指定席は空いていないけれども、Aから途中駅Bまで空いている席と、途中駅BからCまでは空いている席がそれぞれあったとします。この場合、料金は割高になるのでしょうか（別々に購入するイメージ？）。利用する側としては、席は替わるけれども通しで乗っていることには変わりないので、普通に同じ席のまま利用している場合と同じ料金であって欲しいのですが。
　例としては、はやぶさグランクラスで東京－新青森間を利用したい場合に、東京－仙台と仙台－新青森間それぞれ別の席があいているようなケースです。