Ubuntu + MySQL + CakePHPの環境でbakeコマンドでモデルを作成しようとすると下のようなエラーが出てしまいます

PHP Fatal error: Call to undefined function mysql_query() in PATH/cake/libs/model/datasources/dbo/dbo_mysql.php on line 600

現状わかってること
●PHPはソースからコンパイルしていて/usr/local/bin/phpにあります
●/usr/local/bin/php -v を実行すると5.3.4 /usr/bin/php -v を実行すると5.3.3
●cake/console/cake.phpの１行目に「#!/usr/bin/php -q」とあったので「#!/usr/local/bin/php -q」に変えても同じエラーが出る
●Webアプリ経由でmysql_query()を実行してもundefinedにはならない
●Webアプリ経由でphpinfo()を実行するとConfigurationFilePathは「usr/local/lib」、LoadedConfigurationFileは「usr/local/lib/php.ini」
●コマンドからphp -ini を叩くと、ConfigurationFilePathは「usr/local/lib」、LoadedConfigurationFileは何故か「(none)」

CLI版のPHPがphp.iniを読み込めてないのかな？と思ったのですが、LoadedConfigurationFileを「(none)」から変える方法がわかりませんでした。php.iniの問題ではないかもしれません