異なるネットワーク間を「VPN」で接続して通信するのと「ssh ポートフォワード」で行うのは、どちらのほうがセキュリティ上安全でしょうか。

「VPN」と言っているものが IPsec を指していると仮定します。VPN という言葉自体は、公共のネットワーク上に、暗号化技術等を駆使して作られた私的なネットワーク、という概念を指す言葉です。

単純に、暗号化された通信の安全性だけだったら、どっちも変わらないです。実装しているソフトウェアのバージョンや設定に問題が無ければ、おそらく AES が使われるでしょう。実際には、SSH でも IPsec でも、双方が対応している暗号の中で、最も強力な物を選択する、という仕組が働きます。

それ以外の部分は、どちらも、きちんと設定して、きちんと使えば、やっぱり、それほど違いは無いように思います。

例えば、ssh の場合、普通に設定してしまうと、つなぐ時に使うユーザアカウントで、ssh を受ける側のシェルが実行できる、という状態になってしまいます。ssh でポートフォワーディングでしか使わないのであれば、この辺の工夫（そのアカウントのログインシェルを /sbin/nologin にする、とか）が必要になります。あと、使うアカウントのみが許可されるように設定する必要もあります。

IPsec であれば、基本的にはネットワークのインタフェースが一個増えた感じになるので、ファイアウォールの設定に気を付ける必要があります。

私が気がついた点は、こんなところですが、本家 Slashdot（英語）でも話題になった事がありました。

SSH or IPSec? - Slashdot

ざっと見た感じでは、「SSH のポートフォワーディングは TCP over TCP になるのがイケテないけど、NAT 超えも問題ないし、手軽で便利。だけど、ネットワークとしてのスケーラビリティは IPsec の方が上」といった感じの意見が多いようです。