通常、絶対値で考えて(マイナスを取ってしまって)問題ありません。
(以下補足)
「通常」と書いたのは、片側検定と両側検定の場合で考え方に違いがあるからです。
t値はt分布上の右側(上側)にあるときはプラスに、左側(下側)にあるときはマイナスの値をとります。
通常は両側検定を行うと思いますので、プラスだろうがマイナスだろうが関係ありません。しかし、片側検定を行う場合にはt分布上で右側にあるのか、左側にあるのかが重要になってきますので絶対値で考えることはできません。
この場合は立てている帰無仮説により対応が異なってきます。
まぁ、上記補足が「なんのこっちゃ?」という場合には両側検定をやっているはずですので無視して問題ないと思います。
ありがとうございました。
補足をいただいて、更に理解が深まりました。嬉しいです。