情報科学と情報工学って何が違うのですか？

良く分からないですよね。その気持ち分かります。

僕自身は、情報科学科卒です。うちの大学には情報工学科という学科はなかったと記憶していますが、内容的に重複する学科はいくつかありました。

それを踏まえての僕のイメージとしては、

情報科学：基礎理論よりのコンピュータに関する研究

情報工学：基礎理論の上でのシステムも扱うコンピュータに関する研究。

知恵袋とかには、

http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1240824177

のような質問もあり、参考にしてみてください。

ただ、僕の考えはこの回答とは真逆です。

で、何が言いたいかというと、名前で進路を選ばない方がいいです。

情報ＸＸという学科であれば、どこも重複した内容を扱っているとは思いますが、そこで選択をするのであれば、名前ではなく、中身を確認してください。

大学の必修の授業は学科の選択で左右されるものもありますが、他学科の授業であっても制限はあっても単位として認定されると思います。それに授業は授業ですが、大学で身につけるべきものは、特に情報系に進みたいのであれば、研究という観点だと思います。

そういった意味で、学科がどうこうというよりも、この研究室が面白そうとか、この教授のことに興味があるそういった観点で学科を選ぶことをお勧めします。

高校生かと思いますが、高校の進路指導でそこまで言われることないと思います。しかし、情報系に進まれる方でしたら、その程度の情報を集めるのは造作もないでしょうし、明確にこの研究室というのがなくても、気になる研究室が多い学科を選ぶ方が充実した大学生活を送れるのではないかと思います。

何かの参考になれば。