movable type5.06を使用しています。管理画面よりブログ記事を削除しても、サーバ上からhtmlが削除されず閲覧できてしまいます。また、ブログ自体を削除してもサーバ上にはそのブログに作成／アップロードしたファイルが残ってしまいます。

ブログ記事を「削除」というのは、ブログ記事一覧から行なわれているものと思います。

あるいは、削除ではなく、個々のブログ記事編集画面にて、右側の「公開取り消し」ボタンをクリックしても、ファイル自体が削除されるはずです。

いずれの場合も、当方の環境では404 not foundになること（つまりファイルが削除されていること）が確認できました。

また、MT経由でブログに作成／アップロードしたファイルについては、「アイテムの管理」画面でチェックを入れて削除すれば、当方の環境ではファイル自体が削除されることが確認できました。（当方はhetemlを使用しています）

もしこれで消えないとしたら、サーバーにおけるパーミッション設定などの問題が考えられます。サーバーによっては、mt-config.cgi の中でパーミッションを設定する必要があるかもしれません。