SNSの利用者数が、約4,000万人というRBB TODAYの記事を見ましたが、これは重複などは無い人数なのでしょうか

この記事のことでしょうか。

http://www.rbbtoday.com/article/2011/12/27/84625.html

記事中のグラフに「利用者数は重複した登録をのぞいた数字」とあるので、ある程度重複をとりのぞいた数字だと考えてよいかと思います。

ただし、重複の除去は統計などによる推測ですので「ざっくりこれぐらい」と考えた方がよいかと思います。

推計方法に関しては、色々とあると思いますが、総務省のこの資料が参考になるのではないかと思います。
http://www.soumu.go.jp/main_content/000030547.pdf

株式会社 ＩＣＴ総研のサイトで見つけてみました。

2011年12月27日　SNS利用動向・広告活用状況に関する調査を発表
http://ictr.co.jp/topics_20111227.html

もちろんある数字です。

ただ携帯電話の認証とかしている会員が多いので
その重複分は限られます。