香港の銀行の、日本人の口座に本人が海外で得た所得が入金された場合、それが日本の国税庁に自動的に連絡されるとは本当ですか？　昨年、日本と香港特別行政区は租税条約を締結し現在実際に施行されています。租税条約の主旨は二重課税防止です。本人が海外で所得があり、それが香港の口座に入金された場合には、本人が確定申告時に日本の国税庁に申告するのは当然ですが、それは利益と損失との相殺後に申告することが可能なはずです。香港の個人の銀行口座に入金があった瞬間にそれがそのまま直接日本の国税庁に連絡が行くのはちょっと信じられません。いったい、これは本当なのでしょうか？　

租税条約と国外送金等調書を混同されておられます。
http://www.souzoku-fp.com/blog/index.php?itemid=313
国外送金等調書は国外への送金と海外からの送金（受領）を一括にして「等」としています。これは法定調書なので金融機関は税務署に必ず提出する義務があります。

（1）国外送金等調書
国外送金等調書とは、金融機関から税務署に提出される法定の報告書です。
・100万円を超える日本から海外の金融機関への送金
・100万円を超える海外から日本への金融機関への送金
をしたときは、金融機関から税務署へ報告書が提出されます。

http://www.43navi.com/column/detailkaigai.html?n=2355

”国外への送金”や”国外からの入金”があると、ある日突然、税務署から「国外送金等に関するお尋ね」が送られてくることがあります。

http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/hotei/annai/23100064.htm

［手続対象者］
金融機関
［提出時期］
為替取引を行った日の翌月末

http://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/press_release/sy230715ho.htm
香港は国家ではないので租税条約ではなく租税協定と呼称されています。実際の適用は来年からです。
http://www.nakagawatax.com/news_0012.html
http://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/press_release/sy221109aho.htm

2　税務当局間の情報交換に関する規定

税務当局間において、租税に関する情報を相互に交換することができることとなります。

http://www.nta.go.jp/kohyo/press/press/2011/joho_kokan/index.htm
サイト下段をご参照ください。
>（参考）租税条約等に基づく情報交換ネットワークの現状

(注)　情報交換に関する国際基準（主なポイント）
・ 金融機関が保有する情報についても情報交換を行う。

http://www.nta.go.jp/kohyo/katsudou/report/2011/04_1.htm
>（4）租税条約などに基づく情報交換

注釈
1　情報交換に関する国際基準の主な項目としては、金融機関が保有する情報についても情報交換を行うこと、自国に課税利益がない場合でも情報交換を行うこと、などがあげられます。

邦人が有する香港の金融機関の口座に100万円を超える海外からの入金がありましても「国外送金等調書」を作成する義務は当然ながらありません。でも香港から国内の金融機関への送金があり、「国外送金等調書」などに基づいて税務当局が調査の必要性ありと判断した場合、租税条約（租税協定）に則って海外の金融機関が保有する情報について情報交換を行うと記されています。