Linuxのシェルスクリプトについて質問です。

#! /usr/bin/sh

input_file=...

hoge=`sed -n -e "/^hoge=/s/hoge=\([1-9][0-9]*\).*/\1/p" $input_file`

echo "hoge は ${hoge}"

もっと複雑なことをしたいなら、シェルスクリプトの中で、perl を使って、
String::Scanf で処理することになる、かな。
http://search.cpan.org/~jhi/String-Scanf-2.1/lib/String/Scanf.pm

(1)
/^hoge=/s/hoge=
と
s/hoge=
では、どう違うのでしょうか？

アドレス指定の正規表現が軽い指定だと、ちょっと早くなるんじゃないかな、と思って、つい付けてしまいます。
ぼくの癖だと思ってください。

(2)
hoge=100の"="の前後にスペースがある場合はどのように書くのでしょうか？
以下のようになるかと思ったのですが、エラーにはならないものの正しく動きません。。。
sed -n -e "/^hoge.*=.*/s/hoge.*=.*\([1-9][0-9]*\).*/\1/p" $input_file

イコールの前後のスペースを表すなら、ピリオドでは無くて、スペースを使いましょう。
イコールの後のピリオドが数字にもマッチしてしまいます。

sed -n -e "/^hoge *= */s/hoge *= *\([1-9][0-9]*\).*/\1/p" $input_file

ちょっと、見づらいですね。
「.」 → 「 」 になってます。