PHPの質問です！下記のようにテーブル(category)を抽出するWhile文の中で得られた値(cate_id)を参照し、異なるテーブル(m_group)データをWhile文で値を抽出しようとしましたが…この入れ子に記述したwhile文のループが終わった時点で、親のWhile文のループが１回で終わってしまいます。なぜでしょうか？ 解決の糸口を、ご存知の方がいましたら…ご教授いただけると助かります。よろしくお願いします！

$resの使いまわしが原因ですね。

変数を分けるか、

echo "<nav id=\"gropCntl\"><ul>";
$res1 = $db->query("SELECT * FROM category WHERE shop_id=?; ", array($shop_id));
if (PEAR::isError($res1)) {die("カテゴリー・抽出エラー:");}
while ($row = $res1->fetchRow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
　  echo "<li class=\"naviMenu\" onmouseover=\"this.className='naviMenu_on'\"
　  onmouseout=\"this.className='naviMenu'\">
　  <a href=\"\">".htmlspecialchars($row["cate_name"],ENT_QUOTES)."</a>";
　  echo "<ul class=\"sub\">";
　  $res2 = $db->query("SELECT * FROM m_group WHERE g_cate_id=? AND shop_id=?", 
　  array(htmlspecialchars($row["cate_id"],ENT_QUOTES), $shop_id));
　  if (PEAR::isError($res2)) {die("グループ・抽出エラー:");}
    while ($row = $res2->fetchRow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
      echo "<li><a href=\"\">".htmlspecialchars($row["group_name"],ENT_QUOTES)."</a></li>";
    }
    echo "</ul></li>";
}
echo "</ul></nav>"; 

こんな感じで、関数とかで逃げるとか。

echo "<nav id=\"gropCntl\"><ul>";
$res = $db->query("SELECT * FROM category WHERE shop_id=?; ", array($shop_id));
if (PEAR::isError($res)) {die("カテゴリー・抽出エラー:");}
while ($row = $res->fetchRow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
　  echo "<li class=\"naviMenu\" onmouseover=\"this.className='naviMenu_on'\"
　  onmouseout=\"this.className='naviMenu'\">
　  <a href=\"\">".htmlspecialchars($row["cate_name"],ENT_QUOTES)."</a>";
    outputGroup($row['cate_id'], $shop_id);
}
echo "</ul></nav>"; 

function outputGroup($category_id, $shop_id)
{
　  echo "<ul class=\"sub\">";
　  $res = $db->query("SELECT * FROM m_group WHERE g_cate_id=? AND shop_id=?", 
　  array(htmlspecialchars($category_id,ENT_QUOTES), $shop_id));
　  if (PEAR::isError($res)) {die("グループ・抽出エラー:");}
    while ($row = $res->fetchRow(DB_FETCHMODE_ASSOC)) {
      echo "<li><a href=\"\">".htmlspecialchars($row["group_name"],ENT_QUOTES)."</a></li>";
    }
    echo "</ul></li>";
}

何かの参考になれば。