LAMP環境でご教授お願いします。CentOS5.5 MySQL ver.5.1 PHP ver.5.1.6

PHPのアプリケーションを使用者としてGUIで使用している時に、
だいたい同じ時間(丁度の時間ではなく1時間に1回。)に動作が遅くなったり、
同じ時間(これも丁度の時間ではなく1時間に1回)に急にログアウトさせられたりするのですが、
原因として何が考えられるでしょうか。

わかってる事としては、PHPファイルが原因ではない。(ソースではない。)
バッチをcronやatで走らせてる訳ではない。この2点です。

自然になったのではなく、故意に上記の現象が起こるように設定されてしまいました。
元に戻したいのですが、他に思いつく部分がありません。

助けて下さい！お願いします！