離婚後、私名義の車を妻が乗っていったまま返してもらえていません。

＞その他の事口座の引き落とし関係は、引き落としのストップを銀行に頼んでみようかと思います。

銀行毎に「口座振替停止届け」が用意されていると思いますので、一度取引先銀行にご相談下さい。
例として横浜銀行のサイトをご紹介します。

http://www.boy.co.jp/kakusyu/kakusyu06.html
口座振替の新規申込・変更・解約手続き（横浜銀行）

Q2．口座振替の解約手続き

＜お持ちになるもの＞
1.通帳
2.お届け印
3.本人確認資料（運転免許証、パスポート等）
4.解約を希望する料金等の口座振替の内容のわかるもの

>車の件は盗難届を出そうかと思います。
>そうすると、
>警察が動いてくれますよね。その代わりに前妻には僕が届けを取り下げないと前科がつきますよね。でも、そこまで強行な事をしないとどうしようもないところまで来ています。

これは難しいと思います。
その理由として、原則として警察は民事に不介入だからです。
元奥様が質問者さんの車を占有しているのは、私人間の争いです。
元々質問者さんが占有していた自動車を強引に元奥様が占有した場合は、上記の窃盗罪が適用されますが、質問者さんが離婚前に元奥様に自動車の占有許可を出したのであれば、窃盗罪は成立しません。
どうしてもというのであれば、お住まいの管轄の裁判所（簡易裁判所）に民事訴訟を起こすしか無いと思います。

＞車の件については、合い鍵自体は僕も持ってますが、それを勝手に駐車場から奪取した場合私が罪に問われませんか？

先の回答にも書いていますが、現在質問者さんの車の占有者は元奥様です。
質問者さんが勝手に車を占有すると刑法第242条により窃盗罪に問われる可能性があります。
もしも、質問者さんが合鍵を用いて車を占有するするのであれば、電話か郵便で元奥様に通告する必要があります。
通知した後であれば、警察も簡単に窃盗罪に問う事はしないでしょうし、元奥様が車の引渡しを拒んだ場合は、裁判所に民事訴訟を申し立てる事ができます。
（今の段階でも民事訴訟は起こせますが、その前段階として元奥様に通告しておいた方が、いいと思います。）

＞もう、その件に関してはメールにて元妻へ通告済です。メールも残して有ります。
＞それで通告した事と認められるでしょうか？
＞内容は、
「車の引き渡しが無い場合は、こちらの鍵で車を持って行きます。」というものです。

認められると思いますが、万が一を考えてきちんとメールの内容（ヘッダー付き）を印刷する事です。
その上で、車を動かすのであれば電話で、移動する日時を再度通告する事と第三者に立ち会ってもらって下さい。
きちんとした証拠を残す為には、これぐらいの事は必要だと思います。
（前述した刑法第242条ですが、この条文は一般の人は殆ど知りません。
ただ、元奥様に弁護士や司法書士。行政書士などの知り合いがいた場合や警察関係者の知り合いがいた場合は、刑法第242条に該当すると元奥様に教える場合があります。）
できれば、元奥様立ち会いの元で車の引渡しを求める事お勧めしますが、どうしても無理な場合は、再度内容証明郵便で通告する事をお考え下さい。
（内容証明郵便で通告した後、合鍵を用いて車を移動するのであれば、警察も窃盗罪では立件しないと思います。）