吉里吉里でメッセージレイヤに画像を使いたいです。

メッセージ枠の画像でしたら、プロジェクトフォルダのimageフォルダに入れます。
通常の透過PNG(アルファチャンネル)画像を使用する場合は、Config.tjsで表示モードを「ltAlpha」に変更する必要があります。(※デフォルトは「ltAddAlpha」)

・462行目くらい

function MessageLayer_config()
{
// ◆ メッセージレイヤの表示モード
// メッセージレイヤをどのモードで表示するかを指定します。
// ltAddAlpha は KAG3 3.23 beta 5 から指定可能なモードで、
// ltAlpha よりも処理が若干高速です。
// ltAlpha はそれ以前の KAG と互換性のあるモードです。
// ltAddAlpha を指定した場合は、frameGraphic で指定する
// メッセージ枠用の画像も、ltAddAlpha 用に作成された
// 画像を用いる必要があります (自動的には判別されません)。
// ltAddAlpha 用の画像は画像フォーマットコンバータで作成可能です。
;layerType = ltAlpha;

上記の設定を変更する代わりに、画像フォーマットコンバータで画像をltAddAlpha形式に変換しても使用できます。
http://homepage1.nifty.com/gutchie/kirikiri_kag2/faq_error104.html
※【画像フォーマットコンバータでフレーム画像（枠）を変換する』を参照

http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1159140461