今から３ヶ月で偏差値４０→５５に上がると思いますか？

理系志望なら、、物理、数学の偏差値は６0以上は必要でしょう。でないと、大学の勉強について行きません。数学は、東京出版の大学への数学を毎月購読して、勉強しましょう。数学が得意になると物理がいたって簡単になります。英語は、NHKがネット中で公開しているゴガクルがお勧めですよ。一年間分のレッスンがヒアリング付きで、総復習ができますよ、これは、大学で第二外国語でも、活用便利なサイトです、あとは、そのサイトに出てくる知らない単語を毎日１０～２０くらい、丸暗記してください。文章を簡単なのを作って、その中に未履修の単語を混ぜて暗記すると覚えやすいです。私は、完全な理系タイプだったので、現国、古文、漢文、社会のすべての分野が苦手でした。でも、当時共通一次、今でゆうセンター試験は国語がなんと、8割ありました。センター試験の国語は、中３レベルなのかな？それでは、Take iti easy.

基本的にはNo.1さんの言われる通りでほぼ0に近い可能性だと思います。

現役での合格をこの時点であきらめると浪人しても無駄になります。

もはや偏差値を気にするよりはセンター試験レベルで数学（できれば数学＋理科1科目）でほぼ満点（凡ミス1問程度）取れるところまで持っていけば奇跡がおこるやもしれません。
＃No.2さんの「大学への数学」という問題集は私もおすすめです。ちょっと難しいやもしれませんが自力がつく感じがします。

ただ、英語も40ということなので、最低でも英単語を覚えるなどの英語の努力だけはしておかないと奇跡もおきませんが。

高3で、浪人してもお前が入れる大学はないと担任に言われた私がなんとか埼玉よりも地方ですが国立（工学部）に合格できましたので不可能な話ではありません。頑張って下さい。赤の他人ではありますが応援してます。