セキュリティ上の問題が見つかったという理由から「はてなポイント」の送信機能が長期間停止しています。現状では、はてなユーザ間で直接メッセージをやり取りする機能は無いのでしょうか？

復活はしないでしょうねえ、きっと。
元々、ログイン状態でしか使えない機能ですから、個人の保有ポイントを上回ったポイントを指定しているかどうかをチェックするだけなので、技術的には、それほど難しい修正だとは思いません。

自動トラックバック、idコール、キーワードといった、サービスをまたがった「はてな」という世界の中でのつながりを提供するのが、はてなのはてなたる所以だと思ってましたが、最近の新サービスの実装を見ると、そういったところには、あまり重要性を感じていないのが分かります（個人の感想です）。

お問い合わせから要望すれば、ポイントの送信はできることになっていますし、これ以上は対応しないと思います。

確かにセキュリティ上の問題を修正するだけであれば、はてなの技術陣がこれ程時間を必要とするとは思えませんね。はてなポイントの送信機能は優先度が低くなっているのかな？と疑ってしまいます。はてなユーザ間で手軽にメッセージをやり取りできる良い機能だと思うのですが…。