さくらVPS、2GBのHDDと1GBのSSDのパフォーマンスについて

ただしVPS環境なので、どの位の期間キャッシングが保持できているかは、環境によって異なるので何とも言えません。2GBのメモリでアクティブなサーバが5台程度が同居しているようですと、キャッシュには残らないと考えてください。
これはディスクアクセスについても言えることです。他のアクティブなサーバがディスクI/Oを頻繁に行っているとすると、HDDでもSSDでも速度は稼げません。

Nagiosで監視されているようなので、まずはどのクエリーで負荷がかかっているのか分析してください。クエリーの改善ないしはデータベースの最適化を検討した方が良いと思います。
それも難しい場合は、専用サーバへの移行を検討してください。

まずはさくらVPSの構成など整理を。

• 数十台同居している計算になるが、未使用分のメモリをディスクキャッシュに割り当てる
• IOPSは1500程度

少し古いですが、さくらのVPSの構成を妄想してみました。 - とあるプログラマの日記 @s025236記事を参考にした纏めがあります。
遊んでいるメモリをキャッシュに使うので便利ですね。

丁度さくらVPSの2GBプランを契約しているので、fioにて調べてみました。

Starting 1 process
random-read: Laying out IO file(s) (1 file(s) / 128MB)
Jobs: 1 (f=1): [r] [91.7% done] [13442K/0K/0K /s] [3360 /0 /0  iops] [eta 00m:01s]
random-read: (groupid=0, jobs=1): err= 0: pid=22110: Sun Feb 24 07:39:27 2013
  read : io=131072KB, bw=11976KB/s, iops=2993 , runt= 10945msec
    clat (usec): min=131 , max=184961 , avg=328.08, stdev=1272.51
     lat (usec): min=131 , max=184962 , avg=328.57, stdev=1272.52

random-readでは、IOPSは3000近いですね。
ちなみに8kで行うと、

random-read: (groupid=0, jobs=1): err= 0: pid=22149: Sun Feb 24 07:40:42 2013
  read : io=8192 B, bw=8000.0KB/s, iops=2000 , runt=     1msec
    clat (usec): min=369 , max=422 , avg=395.50, stdev=37.48
     lat (usec): min=370 , max=423 , avg=396.50, stdev=37.48

このようになります。(8Kbなのできちんとデータが出ません。)
※他社のVPSについては割愛します。

以上を踏まえて、まずは何処が原因であるかを判断する必要があります。

身も蓋もない話になりますが、もしかすると、URLの管理は現状通りSQLにて、実際のURL変換はPHPにてファイルを読み込みとするとパフォーマンスが上がるかもしれません。

＞メモリが多いHDD
こちらが良いと思います。

実際には、現状どういう感じの負荷がかかっているかを調査されるべきかと思います。

また、MySQLの設定によりますが、データはメモリーにある程度キャッシングされるはずです。

重いのは、１秒あたりのリクエスト数が増えてるからではないか？と思います。
その場合、どっちにしてもまずはメモリーを増やさないと、ダメだと思います。

たぶんCPU負荷がかかっている状態なのではないでしょうか？
この場合は、メモリーを増やすべきだと思います。

＞SQLからUNIQUEなIDに対応するURLを引っ張ってくるサービスの場合

逆に、この程度の処理にSSDの性能が必要かどうかが逆に疑問
実際には、メモリーが1Gでは、MySQLを使う環境としては少ない方なので、メモリーを増やしたほうがDB的にもよさそうに思う。

http://vps.sakura.ad.jp/ssdplan.html

使い道によって変わりますね。

>SSDプランは高いIOPSが特長ですので、データベースなど高いストレージ性能が必要な場合などにおすすめです。

とのことなので質問者さんの状況にあったほうを選べばいいと思います。