VBSの質問です

とりあえず３つにしてみました。

Dim objFile ' 対象ファイル
Dim oldText ' 置換前テキスト
Dim newText ' 置換後テキスト
Dim objFSO ' ファイルシステムオブジェクト
Dim objRep ' 正規表現オブジェクト
Dim repText ' 置換後文字列
Set objFSO = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set objFile = objFSO.OpenTextFile("hoge.txt")
oldText = objFile.ReadAll

' オブジェクトの準備とパラメータ設定
Set objRep = New RegExp
objRep.Multiline = True
objRep.Global = True

' 置換条件の設定と置換実行（１）
objRep.Pattern = "a\n"
repText = "1"
newText = objRep.replace(oldText, repText)

' 置換条件の設定と置換実行（２）
objRep.Pattern = "b\n"
repText = "2"
newText = objRep.replace(newText, repText)

' 置換条件の設定と置換実行（３）
objRep.Pattern = "c\n"
repText = "3"
newText = objRep.replace(newText, repText)

objFile.Close
Set objFile = objFSO.CreateTextFile("aab.txt")
objFile.WriteLine (newText)
objFile.Close

下記も参考にして置換で必要な手続き順序を学習してみてください。
http://q.hatena.ne.jp/1362838683#a1193082