さくらVPSについて教えてください。phpmyadminで35MB程度のファイルをアップしようとするとNGです。32MBの制限になっているようなのであげるべくphp.iniを編集しようとするもlimit関係の記述がありません。このような場合は単純に追記すればよいのでしょうか？

PHPのバージョンが不明ですが、変更するのは、php.iniの
upload_max_filesize
max_execution_time
memory_limit
の3か所です。存在しない場合は追記で構いません。

PHPでデフォルトのファイルアップロード最大サイズは2Mです。
以下をphp.iniに追記してください。

upload_max_filesize がアップロードファイルの最大サイズ設定になります。

upload_max_filesize を 8M 以上に設定する場合は、post_max_size の値も変更します。デフォルトは 8M です。
つまり、
　　memory_limit > post_max_size > upload_max_filesize
と設定する必要があります。

また、Apacheの設定で LimitRequestBody が必要なサイズより大きい設定になっていることを確認してください。
http://httpd.apache.org/docs/2.2/ja/mod/core.html