うごくメモ帳3D内では任天堂以外のキャラクターを使うときはちゃんと権利者に許可をとって使用するようにとあります

別に使っても良いと思いますよ。

うごくメモ帳3Dの運営者(任天堂)が駄目といっていることをやっては駄目です。任天堂からの利用停止措置、著作権者からの損害賠償請求がありえます。

　ダメです。
　

著作権法には非営利目的の使用ならその著作物を(イメージ等を侵害しない限り)使用しても構わない、というのがかかれています

　著作権法第38条のことだと思いますが、解釈を間違ってらっしゃると思います。
　

　公表された著作物は、営利を目的とせず、かつ、聴衆又は観衆から料金（いずれの名義をもつてするかを問わず、著作物の提供又は提示につき受ける対価をいう。以下この条において同じ。）を受けない場合には、公に上演し、演奏し、上映し、又は口述することができる。

著作権法第38条 - Wikibooks

　とあるとおり、できることは「上演し、演奏し、上映し、又は口述すること」だけです。うごメモにアップすることは「公衆送信」に当たるはずですから、これは認められません。
　さらに言えば、キャラクターを使ったうごメモは2次著作物に当たると思われ、その行為は翻案です。これも非営利目的であっても認められていません。
　
　
　
　著作権が制限される（キャラクターなどを使える）状況は以下のリンクを参照するといいと思います。
コンメンタール著作権法 - Wikibooks

任天堂が著作権を保有しているキャラクターであれば、イメージを壊さない限りは可能となっています。
しかし、許可されていない場合等のメモを投稿すると、最悪の場合損害賠償を請求される場合もあるので注意しましょう。