evernoteにｐｄｆで保存したdataにたいして、後から下線を入れたり、注釈をつけたりする事が可能になる様なソフトはありませんでしょうか？

Evernote、Androidアプリで注釈の書き込みが可能に
http://internet.watch.impress.co.jp/docs/news/20130906_614372.html

有料会員は、PDFにも注釈の追加が可能だそうです。

Skitch

Evernoteに保存したPDFに対して、下線を入れたり注釈を付けることができます。
動作OSはWindows, MacOS, Android, iOS

http://evernote.com/intl/jp/skitch/

可能ですよ。
こちらを参考にしてみてください。
http://evernoteevernote.crowd55.com/archives/tag/evernote%E3%80%80pdf
https://blog.evernote.com/jp/2013/09/06/15061

追記しました
Evernote for Androidの注釈機能の使い方
http://tade-blog.info/smart-phone/1249/
Evernoteのpdf書類に線を引くぞの巻
http://d.hatena.ne.jp/digistill/20100304/p3
Skitchの使い方
http://evernote.com/intl/jp/skitch/guide/ios/
参考リンク
Noteshelf
http://japan.cnet.com/app/ipad/35044008/
Foxit J-Reader
http://news.mynavi.jp/news/2013/09/02/231/
http://www.foxit.co.jp/products/Secure_PDF_Reader/capabilities.html
https://www.foxit.co.jp/downloads/index.php
Nitro PDF Reader
http://www.moongift.jp/2010/09/nitro-pdf-reader

CamScanner+

SCRIBLEを使って、EvernoteにWikipediaのような注釈を付けよう！
http://arukeba.jp/scrible.html