一度time machineでバックアップをとって、フォーマットしたあと、戻すというやり方で大丈夫でしょうか？ひょっとして、このおかしい開発環境ごと戻ってしまいますか？
No.1
time machineはローカル環境（環境設定、アカウント情報含む）も退避復元するのでひょっとすると上手くいかないかもしれませんね。
http://support.apple.com/kb/ht1427?viewlocale=ja_JP&locale=ja_JP
バックアップから戻すときに、ローカルのフォルダを戻さないことも出来るでしょうが、整合性の面から、あまりお薦めできません。
素直に別ユーザーを作成して、そちらに乗り換えることをお薦めします。
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