個人事業主です。

消費税は徴収しない

消費税は消費する側に支払義務があるものですよ。だから徴収しないわけにはいきません。

100000(税別　表記で良いのでしょうか？

徴収しないわけにはいかないのでその表記で良いです。

代金　100,000円
消費税　 　　0円
総額　100,000円　※課税対象外　　　←免税から修正しました
で良いと思います。
　事業者間取引では総額表示のみと言うことはないと思います。

　支払い側は、内税扱いで支払うことになると思います。

年間売り上げが一定額（一千万以上？）を超えると、納税義務が発生します。
表記するなら「税込み」でしょう。
免除されるかどうかは、顧客には関係ないことです。

No.6455　免税事業者や消費者から仕入れたとき｜消費税｜国税庁

この免税事業者や消費者から仕入れた場合でも、その支払った対価の額は消費税及び地方消費税込みの金額とされます

(文中の100分の4というのは、平成25年の国税の割合な点に留意。)
なので、100,000(税込)が正しいです。

免税事業者の場合は、消費税のとりかたは完全に自由、つまり相手先とどう話の折り合いをつけるかだけですよー。


以下にかなり詳しく事例が挙がってます。
http://www.units-en.com/%E6%9C%AA%E5%88%86%E9%A1%9E/%E6%B6%88%E8%B2%BB%E7%A8%8E%E3%81%AE%E5%85%8D%E7%A8%8E%E6%A5%AD%E8%80%85%E3%81%8C%E6%B6%88%E8%B2%BB%E7%A8%8E%E3%82%92%E8%AB%8B%E6%B1%82%E3%81%97%E3%81%A6%E3%82%82%E3%81%84%E3%81%84%E3%81%8B%E3%80%82/



10万円を税抜として10万円だけもらってもいいし、10万円を税抜として108000円貰ってもいいと思います。
先方との話し合いが大事だと思います。。

取引先から「お宅は非課税だろ」的なこと言われて、消費税相当分を払わないのだとしたら、たぶん質問者さんが課税業者になったときに、「消費税？おまえのところで負担しろ」と言われるのがオチです。
御商売が繁盛して、いずれ年の売上1000万円を越えたときに、「これからは消費税を・・・」とは言い出しにくいと思いますので、最初から消費税もらっていいと思いますよ。


仕入や経費支出のときは消費税を払ってますから、請求してはいけない類いのものでもありません。


売上で受け取った消費税 － 仕入で払った消費税　の部分を本来は納付するのですが、これが自分の手元に残るだけです。(特別利益とでも言うべきか)
最大でも80万ぽっきりなのですが、もらっておいていいですよ。


そのうえで、100000円(税別)として108000円を請求するのもよし、100000円(税込)で請求するもよし