甘酒を麹とでんぷんで作るとき５５℃位に加熱しますが、５５℃にする理由は何でしょうか。

甘酒が甘くなるのは、酵素の働きです。
甘酒中では菌は生きていません。

http://matome.naver.jp/odai/2134625480407017401

甘酒は、麹菌が作り出した酵素（アミラーゼ）によってお米のデンプンが分解され、糖分になることで作られます。つまり、甘酒作りの際に必要な温度と言うのは、「酵素がよく働く温度」。この温度が５０度から６０度あたりになります。

　そもそも麹菌は４０度を超えると死んでしまいます。
　５０度～６０度を保ったからといって麹菌が生き残っているわけではありません。麹菌そのものはとっくに死滅し、胞子の状態で生き残っています。５０度~６０度では、麹菌の繁殖による発酵はできません。
　この温度帯で生きて機能しているのは、麹菌が作り出した酵素です。

塩麹の中では菌が生きています。
http://matome.naver.jp/odai/2134599952084293501

菌が生きていないと、「発酵菌が他の菌を寄せ付けない」という働きが失われるため、塩麹や醤油麹自体の保存期間も短くなる。

酵素が働くちょうどいい温度だからです。
http://www.yoimiso.com/kouji-detail/

甘酒麹は55℃～60℃において最も糖化力を発揮し、これ以下だと乳酸菌などによる酸味が発生するリスクがあり、以上だと麹菌そのものがダメージを受けてしまいます。

甘酒の中で麴酵母菌は死んでいます。
http://osumituki.com/hack/3056.html

麹菌は４０度以上で死滅、麹の作り出す酵素は70度以上で死滅すると言われています。

塩麴の中で菌は生きています。
こういう実験をした方がいます。
http://ukannmuri28.blog83.fc2.com/blog-entry-335.html
味噌は麴菌の働きでできます。
http://www.rakuten.ne.jp/gold/ikimiso/trivia/kind/

味噌は「麹（こうじ）菌」の働きを利用した発酵食品ですので、すべてのお味噌がいわば「こうじ味噌」です。