イラストレーターで印刷用のデータを作成する際に　CMYKモードで編集をするのですが、

フォトショップのほうが写真の取り扱いに長けているので、
もし「この写真はＣＭＹＫじゃだめだった」ときも
修正をかける手段を豊富にもっているのであらかじめそうしよう
ということだとおもいますよ。
イラレは色フィルターなどがないでしょう。
ＲＧＢ写真がちょっと全体が鮮やかすぎて印刷にでないため、一段とあざやかな部分が別の色でおきかえられた結果、たとえば初音ミクフィギュアの髪の毛の陰影などがべたっとしてしまうような場合に、
あらかじめセピアっぽいフィルタをかけとこう…とかいうことがイラレでは出来なかったとおもいます。

CMYKモードもRGBモードも印刷時の情報データってことでしょ。

印刷所がCMYKの印刷情報を元に印刷しているので，CMYK情報が含まれていない画像データは正しく色が出る保証がないってことだと思う。

操作よりも、色がどう変化するのかというご質問でしょうか？

殆んど変化しないラッキーな写真もありますが、CMYKにすると鮮やかさが無くなる場合が多いです。身近なところでは、空の青など、変換すると多くはくすんでしまいます。

【例】
http://blog.ddc.co.jp/mt/dtp/archives/20070604/161222.html