あるディレクトリ以下全て（同一ディレクトリということではなく、ディレクトリ以下で階層は不明）の同じ拡張子のファイル（例えばxxx.html）を一つのファイルに結合する（アプリまたはコマンド）をアドバイスいただけますでしょうか？結合するにあたってファイルの順番は問いません。一つのファイルに格納されれば構いません。

PHPだとこんな感じですかね。サイズが大きいと、うまく行かないかも知れません。
$data = "";

$files = dir(パス);
while （（$filename = $files->read()） != FALSE） {
$filepath = (パス) . "/" . $filename;

$data = $data . file_get_contents($filepath);

}
file_put_contents(パス,$data);

Perlでやってみました。スクリプトはUTF-8で保存してください。

use utf8;
use strict;
use warnings;
use Encode;

use Path::Class;

binmode STDOUT,':encoding(cp932)';
binmode STDERR,':encoding(cp932)';

my $sjis = find_encoding('cp932');
my $out = 'c:/output.txt';				#出力ファイル名

open my $fo,'>:encoding(utf-8)',$out or die "cannot create file<$out>:$!";

my $target = $ARGV[0] || Cwd::getcwd;	#引数で指定されなければカレントディレクトリが対象

print "target directory is <$target>\n";

dir($target)->recurse(callback => sub {
	my $fi = file(shift);
	my $name = $sjis->decode($fi);
	return if $name !~ /\.html$/ or -d $name;
	print "$name\n";
	my $buf = $fi->slurp(iomode => '<:encoding(eucjp)');
	print $fo $buf;
});

close $fo;
exit;

ここでは例として、入力ファイルがEUCで書かれていることを想定しています。出力はUTF-8です。画面表示はWindowsということでShiftJISにしています。

文字コードが統一されていないのであれば、それの判別が一番のネックでしょうね。

一応、HTMLファイルの文字コード宣言を読み取ってそれを返してくれるHTML::Encodingなるモジュールもあるようですが、試してはいないのでどれほどのものかはわかりません。

Mac では、ターミナルからだと、こんな感じでしょうか。

find /hoge -type f -name "*.html" -print | xargs cat >> output.txt

例外がいろいろあるとのことなので、細かい制御をするなら、bash のスクリプトで。

#! /bin/bash
files=`find /hoge -type f -name "*.html" -print`
for f in $files
do
    # 例外は、ここではじく
    if ...
    then
        continue
    fi

    cat $f >> output.txt
done

文字コードを変換する必要があるなら、nkf を使う感じでしょうか。

#! /bin/bash
files=`find /hoge -type f -name "*.html" -print`
for f in $files
do
    # 例外は、ここではじく
    ...

    # UTF-8 に変換して出力
    nkf -w $f >> output.txt
done