年末調整の住宅借入金特別控除について

例年、会社からの源泉徴収票をもとに住宅控除については、税務署にて行っています。
国税庁HPから書類を作成し郵送する年と、
税務署で署員の指示のもと書類を作成、提出する年があります。

夫婦でのそれぞれの持ち分があり、初年度に緑色の「住宅借入金特別控除申告書」作成し、
「住宅借入金特別控除額」が毎年度分記載されています。

所得は、大きく変わっていないのに、還付金に差があるため、
毎年の申告の控え「所得税の確定申告書A」を見直してたところ、
「税金の計算」の「住宅借入金等特別控除」の金額に２つパターンのあることが分かりました。

A) 緑色に「住宅借入金特別控除申告書」記載の「住宅借入金特別控除額」をそのまま記入
B) 税務署員が持ち分や、A)の書類を元に計算し、都度算出。
「住宅借入金等特別控除」は、A)より金額が少なくなり、還付金も少ない。

いずれのパターンでも、今まで書類は通ってきましたが、どちらが正しいのでしょうか？
また、訂正（修正）は、できる（するべき）でしょうか？

どうぞ宜しくお願い致します。