中学2年生です。電子の向きと電流の向きが逆というのを最近習いました。

私は、匿名質問者さんの仰る通りだと思います。
ただ、「電流の向き」の定義を変えるメリットがそれほど無いのです。

ちなみに、
2018年に、電流の定義を含む国際単位系の見直しが議論されるそうです。
国際度量衡総会 - Wikipedia
「電流の向きを電子の向きと同じにしてよ！」って言いたいですね。

#1の回答の通りです。
大事なのは、電気は電圧の高い方から低い方へと流れるという事で、昔の人は電圧の高いほうをプラス、低いほうをマイナスとしていただけです。
実用的にはそう呼んでいるだけなので、これを反対にして混乱するより現状維持の方がいいのでしょう。

正孔という考え方もあります。電子の無い空間のことです。
教室に机が並んでいて、欠席者が出た場合は、その後ろの人が順に詰めていくと考えます。
座っている人がいない机の様子をみると、黒板側から後ろへ流れていきます。
金属などの導電体は電子で満ちていますが、そのところどころに隙間があいています。
この隙間が、さきほどの欠席者の机になるので、ちょうど電子の流れと反対向きに流れます。つまり、電流の流れと同じです。この空隙は相対的にプラスの電荷になるので、電流は正孔の流れる向きといっちします。

電流を「荷電粒子」の流れであるとして定義すると、負の電荷を持つ電子以外の物の流れも考慮に入れることになります。正の電荷を持つ陽イオン、陽電子などが作る電流の場合、電荷を持った物質は電流の向きと同じ方向に移動しています。

「電流の向きは正の電荷が流れる向きとして定義されている」のだから、負の電荷の流れる向きは電流とは逆になる。
「マイナス・負は、逆なんだ」と何となくわかれば、「電子＝マイナスの電荷、電子の流れる方向＝電流の流れる方向とは逆向きの方向」ってわかるんじゃないかな。
静電気の場合、電子が大量に溜まっているのがマイナスの場所です。

お金の場合、他人から借りて使ってしまい返さずにいて、それを繰り返すと、借金が増えると言います。　金がない、金がない！のに借金は増える。貸した人はお金が減るのに、資産があると言います。　マイナスの存在はわかりにくいけれど、これを乗り越えないと、ものごとの理解がしにくい場合もあります。
電流が流れる速度と、電子が移動する速度も違うんです。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q12106801132
電子の移動そのものと、電流の概念とは若干違うと思ったらどうでしょうか。
電気の、正負と、電流とも違うのかも。