複数のフォルダの中にあるファイル名の一覧を自動作成するようなソフトはないでしょうか？ソフトでなくても、簡単にリストに流込むマクロでも、方法は何でもかまいません。どこに何が保管されていたか、保管し忘れはないかなど、その度に開けなくても確認できないかと思いまして。

コマンドプロンプトを使って表示することが可能です。
ディレクトリ構造をツリー形式で表示(TREE) - ファイル - コマンドプロンプトの使い方

テキストファイルへ出力することも可能です
フォルダ構造をテキストファイルに保存する 日経トレンディネット

ただ、ドライブ全体の構造を表示させる方法なので、限定的なフォルダについてだと、削除する部分が多くなってしまうかもしれません。

Windows でしょうか。

No.1 の回答で出てる tree コマンドとか、dir コマンドでファイルの一覧を作ることができます。
複数のフォルダを対象にするならば、コマンドプロンプトから以下のようにやります。
ログインしているユーザのホームディレクトリと、d:\temp の二つのフォルダを対象にして、dir コマンドを使って、list.txt にファイルの一覧を作る場合。
/s というオプションをつけると、サブフォルダの下にもぐって行きます。

D> (for %d in (%homedrive%%homepath% d:\temp)  do dir /s %d) > list.txt

D> は、プロンプトのつもりです。それ以降を入力して、Enter キーを押すと、list.txt にファイル名の一覧（よりも、更新時刻とかが出るので、ちょっと詳しい）ができます。

tree コマンドを使う場合。/f をつけて、ファイル名を出力します。

D> (for %d in (%homedrive%%homepath% d:\temp)  do tree /f %d) > list.txt

階層が深い場合には dir に比べると、深さが図示されるので見やすいです。