VBSの質問です

環境が変わってから、空のファイルがあるのではないでしょうか。
以下のようにスクリプトを変更して試してみてください。

Option Explicit
Const TARGET_FOLDER = "."
Dim REPLACE_FROM
Set REPLACE_FROM = New RegExp
REPLACE_FROM.Pattern = "^<td>.*\n</tr>"
REPLACE_FROM.Global = True
REPLACE_FROM.Multiline = True
Const REPLACE_TO   = "</tr>"

Const ForReading = 1 '読み込み
Const ForWriting = 2 '書きこみ（上書きモード）
Const ForAppending = 8 '書きこみ（追記モード）

Dim objFSO, objFolder, objFile, objSubFolder, objTXT
Set objFSO = WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set objFolder = objFSO.GetFolder(TARGET_FOLDER)

For Each objFile In objFolder.Files
    Dim strFilePath, infile, outfile, strData
    strFilePath = objFSO.BuildPath(TARGET_FOLDER, objFile.Name)
    Set infile = objFSO.OpenTextFile(strFilePath,ForReading)
    If infile.AtEndOfStream Then
        infile.Close
    Else
        strData = infile.ReadAll
        infile.Close
        Set infile = Nothing
        Set outfile = objFSO.OpenTextFile(strFilePath,ForWriting) 
        outfile.Write REPLACE_FROM.Replace(strData, REPLACE_TO)    
        outfile.Close
        Set outfile = Nothing
    End If
Next

dim WSHShell
Set WSHShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
WSHShell.Run "6.vbs"