Ubuntu 10.04でntpの設定をしているのですが、/etc/ntp.confで設定したサーバと、ntpq -pで表示されるサーバが異なります。

ntpqには即座に反映されません。

http://ips.nekotype.com/1494/

逆引きした名前では？

ググるとデフォルトのntp.ubuntu.comがeuropium.canonical.comだったから、というのが幾つか。
ただ、今は違ってるみたいだけど、*.canonical.comではある。
pool.ntp.orgは元々そういうもの。
http://www.pool.ntp.org/ja/use.html

ntpdは安定性が重要ですので、ラウンドロビンやpool.ntp.orgのような場合でも、同期はサーバ単位となるよう最初に正引きしたIPアドレスを使用します。
ntpqは逆引きした名前があればそれを表示します。

ntpq で表示されるホストと ntp.conf に定義しているホストに、それぞれ traceroute などで IPアドレスを確認してみるとどういう結果になるでしょうか。
オンプレミスかレンタルなのか環境がよく分かりませんが、2番目の回答にあるように逆引きで想定しているホストと違うものが表示されているということではないのでしょうか。

あと可能性は低いですが、仮想環境で実行していてゲストOS とホスト OSを取り違えているということはないでしょうか。

コメントで書きましたが、/var/log/messagesを晒して欲しいですね。
起動時にどういったメッセージを出しているのか。
また、わざと変な記載をしてみて/var/log/messagesを見てみるというのも手です。