EPSON PC-486SR内臓HDDのクローンをとりたいのですが良い方法はないでしょうか？一般的なクローンキットを使ってMacやWinマシンに接続するも認識してくれません。

486SE/SR 機能仕様

一般的なクローンキットって、今売ってるようなものではむずかしそう。
http://www.pc-9800.net/db_epson/data/pc-486sr.htm
ＭＳ－ＤＯＳのフォーマットがされているようですが、まず接続がＳＡＴＡではなくＩＤＥそれも古い方だったようです（外見のピン数があっていても、微妙にバージョンの違うアダプタである可能性があります）
（「オプション：IDE対応HDDパック（40MB/80MB/125MB/200MB/320MBタイプ・ノート共用のうち1基）内蔵可能」）
　
メガバイト…ですもんねえ…問題のＨＤＤのフォーマット形式はFAT16でしょうか、もうひと世代古いものでしょうか。
http://kb-jp.sandisk.com/app/answers/detail/a_id/3543
マウントしてしまえばこっちのものですが、ジャンパピンでスレーブにしてやったかなどいろいろ確認事項があるとおもいます。
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/4836155.html
http://qa.itmedia.co.jp/qa8986083.html
こんな応答でやっているのと似た雰囲気になるとおもいます。
解決になったフリーのクローンソフトというのがどれかよくわかりませんが、外装などを良く見て条件にあうものを選んで下さい。

確認です
　　一般的なクローンキット　というのは　PC（USB）を使わず　HDD同士２台を
　　直で　接続するタイプですよね？
　　何度も使っているでしょうから　当然間違っていないとは思いますが
　　久しぶりに使おうとして　つい　忘れる事は　
　　コピーされるHDDより　新しいHDDの方の容量が　
　　多い又は　同じであるか？
　　新しいHDDの接続は　スレーブでは無くマスターにしたか？
　　（コピー機の　説明書を　読んで確認して下さい　私の持っている２台共
　　コピーする時には　そうゆう設定です）
　　USB接続のタイプで有ったら　無視してください

その当時のIDEでも43ピンのコネクタタイプであれば、ジャンパーピンでマスターにして、USB変換してあげれば認識はすると思います。

ジャンパーピンがなければアルミホイルなどでつなぐ事でなんとかなりますが、他のピンにショートしないように気をつけてください。