このランキングサイトでは、日本の識字率は、２８番目です。ずいぶんと意外でした。西欧の人口の比較的少ない、かつ、豊かな国が、ランキングが日本より勝っているのは納得感ありますけれど。しかし、日本が、２８番とは驚きました。

１００％でないのは日本の調査が詳しすぎるからのような気がしますが。
北朝鮮が１００％以外を認めるわけないし。
一応、義務教育で文字を教えますが、明治・大正・昭和生まれの方だと環境によって
学校にいけなかったため字が読み書きできない人がまだいらっしゃいます。
貧困などにより親が出生届けを出さず戸籍に乗らない子供（中国でいう黒孩子（ヘイハイズ）？）を減らすことと
成人向けの教育機関を作ることで１００％にちかづきますが、
あと１０年すると団塊世代が寿命を迎え、バタバタとなくなってしまいますので
６歳児の教育だけを完璧にしても自然と識字率が上がるかもしれません。
とはいえ、先天・後天的な障害・病気、移民により母国語が違うなどといったことで
字が認識できないまま生きる人はゼロにはならないとおもいます。
他国で１００％としているのがどうみてもおかしいとおもいます。

統計の嘘にだまされています。

中学3年生以上の100人に1人が字を読み書きできないなんて、体験的に間違っていませんか?99%という数字の国が20か国以上ありますが、これは、後処理のために高識字率の国に仮に99%という数字を割り当てただけです。
識字率による国順リスト - Wikipedia

HDIを計算する都合上、99.0% という数字を割り振っている。

HDIは、1990年には、日本が1位でしたが、2014年の報告書では、17位に落ちています。
まあ、1位でも17位でも先進国なので、問題ないですけど。

　
　各国の日常語に対する習熟率なので、同じ試験問題なら世界一です。
　たとえば《広辞苑》と《ブリタニカ》の同一ページについて、世界中
で一斉に読解テストをすれば、ブッちぎりの結果になるはずです。
　
……　1948年8月、CIEは「日本語のローマ字化」を実行するにあたり、
日本人がどれくらい漢字の読み書きができるか調査を行なった。調査地
点は270ヶ所の全国の市町村で、15歳～64歳の1万7千百人が調査対象に
なった。調査対象となれば、炭焼きのお婆さんでもジープで連れ出して
日本語のテストをさせたという。調査の結果、テストの平均点は78.3点
で、日本人は97.9%という高い識字率を誇っていることが判明した。
http://www.nipponnosekaiichi.com/mind_culture/literacy_rate.html
　世界が驚嘆した識字率世界一の日本
　
http://d.hatena.ne.jp/adlib/19850101
　中学生諸君！ Basic ５
http://d.hatena.ne.jp/adlib/19850103
　
……　アメリカでは、義務教育として音楽を教えますか？
　はてなで「楽譜を読める」と思う人は約１０％でした。
http://q.hatena.ne.jp/1291061467（20101130 05:11:07）
　
……　「楽譜を読める」と思っている人が１０％前後、思っているだけ
で読めない人の実数は、もっと少ないようです。
　義務教育なのに、九九や文字ほどの成果がないわけを論じてください。
http://q.hatena.ne.jp/1134037458（20051208 19:24:18）
　

情報操作して１００％だってデータを出し続ければ何十年かすれば１００％だって事になります。
たとえ実質１００％になっても得になることは無いけど。