Excel方眼の代替ソリューションで説得力のあるのものを教えてください！

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この辺はいかがでしょうか。

正直、Excel方眼紙はただのレイアウト図なので、使い道によるんですが…。
コンピュータ・Web制作カテゴリでの質問なので、そのあたりの使い道を考えると…
・画面設計書等なら、相変わらずExcelがベストソリューションです。ただし、階層構造を明確に記載するために、セル構造を単なる方眼紙ではなく、行・列で意味を持たせたレイアウトに変更します。
・デザイン・画面レイアウト図なら、そのままExcel方眼紙でも良いと思うんですが、PowerpointやVisioを使うのも一考の価値ありです。

ちなみに「Excel方眼紙からの脱却」という命題でいくつか本が出ています。

エンジニアのためのExcel再入門講座

• 作者: 吉川昌澄
• 出版社/メーカー: 翔泳社
• 発売日: 2010/01/22
• メディア: 単行本（ソフトカバー）
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エンジニアのためのWord再入門講座 美しくメンテナンス性の高い開発ドキュメントの作り方

• 作者: 佐藤竜一
• 出版社/メーカー: 翔泳社
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エンジニアのためのPowerPoint再入門講座 伝えたいことが確実に届く“硬派な資料”の作り方

• 作者: 石川智久,植田昌司
• 出版社/メーカー: 翔泳社
• 発売日: 2009/09/17
• メディア: 単行本（ソフトカバー）
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出版年がちょっと古いんですが、Excel方眼紙というネタがそもそも時代遅れなので…。どれも現役で使える内容だと思います。

多少ズレてもよいのなら
・Microsoft　excel　（もともと表計算ソフト。セル結合利用）　
・Microsoft　Word　　（インデントやエクセル表の貼り付けを利用）
・Microsoft　PowerPoint　　（大抵の図表が貼れる）
・無料サービスのOnenote　　（大抵の図表が貼れる）
　
位置ずれ一切なし、顕微鏡でみてもすみずみまで綺麗な印刷物をつくりたいのなら
・Adobe社のレイアウトソフトInDesign　（アドビ性の図表が貼れる、折り返し・回り込み・多ページレイアウトにつよい。ワードの一段上のソフト）
・Adobe社のソフトIllustrater　（ポスターなど拡大するもの）
・Adobe社のソフトPhotoshop　　（ウェブ閲覧のみでよい図表）
　
用途におうじて全部自分でつかってみてますが、
特にアドビは習得に時間がかかることを念頭においたほうがよいです。