輸送・輸出入用の梱包木箱の中古品はないでしょうか。

運んでから木箱にするのは簡単ですが、木箱のまま輸送するのはかさばり、輸送料の無駄です。
したがって、近所のホームセンターには枕木にせよ、すべて板材・角材・せいぜいすのこ型で入ってくるとおもったほうがよいです。
箱型にくみたてて売っているかどうかはそのホームセンターの方針次第です。

あと、もうひとつだけ。「汚染は土壌でなくてもよい」ということですが、「土壌でない汚染」とはすなわち有害物質かもしれないということもよく考慮してください。豊洲地下もあの程度で大騒ぎしてくれるのは公共機関だからで、個人で調達するものは安全度は自力で判別しないといけません。
枕木はアスファルトを染み込ませた木材で、防腐されています。防腐剤・防黴剤・防蟻剤をつかえば長持ちしますが、食用作物の近くでつかってはいけません。

ご近所のホームセンターで「みかんコンテナ」と言ったら山積みにしてあると思いますよ。
一番一般的な量産品です。
みかんコンテナは時期や品質により差があって、安い時期には特売で一個３００円程度からあることもあり、丈夫なメーカー品は一個千円以上することもあります。
それよりも大きな物だと数千円程度でしょう。
送料が馬鹿にならない商品なので、かなり大量に仕入れるのでなければホームセンターで飼う方が安価に買えます。