WEBの技術しかないので、ネイティブアプリ制作ではなくWEBアプリでマネタイズしたいのですが、WEBアプリの場合どのように、課金システムを利用できるのでしょうか？

広告収入だけの場合

は両社の認識は下記で良いでしょうか？

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ネイティブアプリの場合、
ワンクリック10円以下なのでWEBページのグーグルアドセンスと同じかそれ以下ですね。
さらにアップルストアやアンドロイドストアに30%搾取されることもあるといういう事ですね。
ただもちろん宣伝を自分で行うのは不可能に近いので、これらにアプリを宣伝できるメリットは非常に大きいので、
30%搾取は仕方がないと考えることも可能ですね。

するとWEBアプリの場合は、宣伝効果を諦めて、自分のサイト上で公表して、
そこにアドセンス広告を張っておいても、集客さえできれば、課金をしないアプリは広告だけの収益なので、
特にデメリットはなく、搾取されない分得な場合もありうるのですね。
インストールさせなくても済むので、プレイ率をWEBアプリの方が上げれるメリットはあるでしょうね。
もちろんその分スペック的にネイティブアプリに劣る面はありますが。