javascriptで配列の中身を１つずつ順番に待機時間を挟んで表示させようとトライしています。例えば配列の１つ目を表示させる。２秒後に２つ目を別の場所に表示させる。次に２秒後に、これら２つを消して、あとはこの繰り返し（表示→消す→表示→消す、、、）

例えば、

setTimeout(step0,2000);

の秒数をゼロと指定しても、(多くは)回答で示した通りの順序で表示されます。
これは、setTimeoutよりも先にforループが処理されるためです。

質問にあるコードを少し変更して、動作が分かるようにしてみましょう。

var data=[1,2,3,4,5,6]


for (var i = 0; i < data.length/2; i++){
console.log(i);
setTimeout(step0,0);
function step0(){ 
console.log('disp a',data[i]);
document.getElementById("a").textContent = data[i];
setTimeout(step1,2000);
}
function step1(){ 
console.log('disp b',data[i+1]);
document.getElementById("b").textContent = data[i+1];
setTimeout(step2,2000);
}
function step2(){ 
document.getElementById("a").textContent = "";
document.getElementById("b").textContent = "";
}

}
console.log('loop end');

実行結果はこのようになります。(Google Chrome)

0
1
2
loop end
disp a 4
disp a 4
disp a 4
disp b 5
disp b 5
disp b 5