中古のプリウスαを購入するために　見積もりをしてもらったのですが　諸費用が高すぎるように感じました。

走行距離や車両本体価格が分からないので何とも言えませんが、
同年敷同走行距離の車で他店舗よりも本体価格が安い場合などは、
ショップの各種事務手数料をいろいろ重ねて利益を出す、つまり
総支払額では車両価格の高い他のショップと変わらない、という
ケースも特に珍しくありません。例えば

車庫証明費用　16,200
　　　自分でやれば５千円程度で済みます
整備部品パックとして43,200
　　　プリウスはバッテリーが大事なのでバッテリーのみにしてもらうとか
納車時の清掃と洗車代として20,000
　　　断れるんではないでしょうか
納車時準備費用　25,920
書類作成　16,200
車検代行　16,200
　　　どういう費用か聞きつつ削れるものはあるか尋ねてみては
といった具合です。
ただ、「事務手数料も含めてやっと儲けが出るんですよ」という場合も
よくあります。まず、比較している他のショップの在庫車も
「税金などを含めた購入時の総支出はいくらか」で
見積もりを取って「プリウスαの中古相場」をつかんでください。
そのうえで直球で「削れる諸費用はありますか？」と訊いてみましょう。